É constante,
então se é constante é fácil de resolver
1) mete os 2 filmes normalmente como fazes no AVI2ISO
2) mantém os temporários ( separador opções especiais )
3) converte
ele vai começar por juntar as duas partes, e vai produzir um grande ficheiro com as duas partes unidas - AVI_MUXED.AVI
4) QUANDO TIVERES ESSE FICHEIRO COMPLETO, isto é, quando o AVI2ISO começar a converter com o CCE.....CANCELA TUDO no botão CANCELAR.....não te interessa converter
este vai ser o teu filme que terás que corrigir porque deve estar dessincronizado
1) abre esse filme no Windows Media Player Classic
Vê o filme no Windows Media Classic, e corrige a sincronização desta forma :
vai ao Menu Play ---> Audio ---> Options
Internal Filters ---> Audio Switcher
Audio time shift (ms)
introduz um valor positivo ou negativo até corrigires a sincronização
Aponta esse valor

2) abre o AVI_MUXED.AVI no Virtual Dub
menu video : direct stream copy
menu audio : direct stream copy
menu Audio--->interleaving-----> audio skew correction----> mete o valor que encontraste ( positivo ou negativo )
Save as AVI e cria o teu novo filme AVI
verifica se está tudo bem e converte
Outras soluções :
Juntar os ficheiros usando o Join Jobs
Usar o VSO